Емануел Чубер изабран је за ректора 1894/95 године и обављао је ту функцију до 1899. када му је у 48 години живота додељено звање Хофрат. Године 1919. морао је из здравствених разлога да узме одмор, а то је значило да неће држати предавања све до одласка у пензију.
Чубер је написао много научних радова. Област научног интересовања била му је широка: од чисте математике и геометрије па до њихових примена. Оно што је обележило већину његових дела је генијалан начин употребе теоријских резултата за потребе праксе. Нарочиту наколоност Чубер је имао за оне области примењене математике које се односе на теорију случајности. Ово интересовање сеже у време када је био асистент геодезоије и интензивно се бавио грешкама посматрања и задацима исправљања ових грешака. За време професуре у Прагу објавио је неколико радова из геодезије и носио се мишљу да се потпуно посвети овој научној области. Касније се ипак окренуо научним областима у којима терија вероватноће налази многостране практичне примене. Својим научним радовима, али и синтетичким приказима нових области прорачунавања случајности, поставио је нове стандарде за то време. Током боравка у Бренеру написао је дело ''Теорија грешке посматрања'' (1891). У Бечу је овај рад развио до свог научног врхунца. Суштински је утицао на извештај за Немачко математичко друштво о развоју теорије случајности и применама (1899). Објавио је и свеобухватно дело ''Прорачуни случајности и примене''.