Студије у Берлину је започео 1885. године. У Универзитетској библиотеци се могу наћи књиге на немачком језику које је Пупин користио током студија и припреме доктората у Берлину. То је цела збирка вредних књига из физике као што су дела његових професора Хелмхолца и Кирхофа.

Ту је и немачки превод предавања Џорџа Стокса, Пупиновог професора са Кембриџа, из 1888. год.

Из тог периода датирају и дела познатих физичара Клаузиуса, Нојмана, Планка...

Предавања немачког математичара и физичара француског порекла Петера Густава Дирихлеа.

Као и на књигама из Кембриџа се по записима и датумима може пратити када и где су књиге набављане.

У многима су пронађени посебни листови са интересантним Пупиновим белешкама.

Овде треба поменути и књиге на француском језику које је користио у Берлину, а вероватно их је набавио приликом посете Паризу. Ту је и прво издање Карноове расправе која је поставила темеље термодинамике.

Током боравка на Институту за физику у Берлину Пупин је био фасциниран Херцовим електричним таласима. У библиотеци се налази ауторизовани енглески превод Херцове књиге на ову тему из 1893. год. са предговором лорда Келвина и са Пупиновим потписом на прелиминарној насловној страни.